Wageningse microbiologen verkleinen genoom van bacterie
Onderzoekster Audrey Leprince stelt vast dat bacteriën veel genen kunnen missen omdat ze niet essentieel zijn of alleen in specifieke omstandigheden. Een verkleind genoom maakt de bacterie stabieler, voorspelbaarder en efficiënter. Het kan de basis vormen voor het ontwerp van een industrieel interessante bacterie. De bacterie Pseudomonas putida beschikt over circa 5400 genen. Hiervan zijn er zo’n 1500 essentieel plus wat genen voor de kweekomstandigheden. Leprince verwacht dat het mogelijk is om zeker de helft van het genoom te wissen.
De onderzoekers verkleinden de genomen door willekeurig delen te verwijderen. Zij brachten hiervoor eerst op twee willekeurige plaatsen een doelwitvolgorde in. Daarna dwongen ze de bacterie zelf een knipeiwit te maken dat het DNA doorknipt op de ingebrachte doelwitten en de losse einden aan elkaar plakt. Miste er geen essentieel gen, dan overleefde de bacterie. De onderzoekers bekeken vervolgens welke genen waren verwijderd en begon aan een volgende verkleiningsronde.
Het voordeel van de methode is de snelheid en de relatief geringe kosten. Andere methodes vragen vooraf kennis van de volgorde om gericht stukken te kunnen wissen. Leprince denkt dat haar methode daarom direct in andere bacteriën is te gebruiken. Bovendien helpt het inzicht te krijgen in de werking van de bacterie. De methode verraadt immers welke genen wanneer essentieel zijn.
Bron: Resource - Wageningen UR
