In twee verschillende kassen in Polen werden symptomen gesignaleerd van crazy roots bij op substraat geteelde komkommers. Onderzoekers besloten daarom bacteriën uit de wortels de isoleren om te achterhalen wat de oorzaak van de wortelziekte is, zo schrijven zij in een recent verschenen wetenschappelijke publicatie in European Journal of Plant Pathology.
Door overmatige en ongepaste wortelgroei werd in de besmette Poolse kassen een vermindering van de opbrengst en een verslechtering van de algemene toestand van geïnfecteerde planten waargenomen.
Om de bacteriën te identificeren die de ziekte veroorzaken, werden Agrobacterium-achtige kolonies onderworpen aan PCR met primers die complementair zijn aan de pathogeniteitsgerelateerde genen die zich op het gekke wortel-inducerende plasmide (Ri-plasmide) bevinden: de virD2A + virD2E-primers die complementair zijn aan het virD2-gen en de rolBF + rolBR-primers die complementair zijn aan het rolB-gen. De pathogeniteit van de geïsoleerde stammen werd bestudeerd in zonnebloemen en komkommers.
Twaalf stammen die positief waren voor het Ri-plasmide, zoals bepaald met PCR, en pathogeen voor zonnebloemen, werden geïdentificeerd op basis van sequentieanalyse van de 16S-rRNA- en recA-genen. Eén stam werd geclassificeerd als behorend tot het geslacht Pararhizobium, drie tot Rhizobium en acht tot Agrobacterium biovar 1, met de grootste overeenkomst met genomospecies G3.
De resultaten van de analyses suggereren dat deze stammen kunnen behoren tot een nieuwe, tot nu toe onbeschreven soort. Om deze hypothese te bevestigen, is verder fylogenetisch onderzoek nodig.
Lees het volledige onderzoek hier.
Warabieda, Michał & Mikiciński, Artur & Oleszczak, Marcin & Puławska, Joanna. (2021). Identification of the causal agents of crazy root disease on hydroponically cultivated cucumber plants in Poland. European Journal of Plant Pathology. 10.1007/s10658-021-02340-6.