Detectie gebaseerd op CRISPR/Cas12a is een nieuwe benadering voor het efficiënt, sequentiespecifiek identificeren van virussen. In nieuw onderzoek wordt C/Cas12a gebruikt voor de identificatie van ToBRFV, een virus dat aanzienlijke schade toebrengt aan tomaten over de hele wereld.
Specifieke CRISPR RNA's (crRNA's) werden ontworpen om ofwel ToBRFV, ofwel het daaraan verwante tomatenmozaïekvirus (ToMV), op te sporen. Deze technologie maakt differentiële detectie van ToBRFV en ToMV mogelijk.
Gevoeligheidsbepalingen toonden aan dat virussen kunnen worden opgespoord vanaf 15-30 ng RT-PCR product, en dat uit een mix van de virussen, ToBRFV en ToMV specifiek kunnen worden gedetecteerd.
"Bovendien tonen we aan dat deze methode de identificatie van ToBRFV mogelijk maakt in monsters uit commerciële kassen. Deze resultaten demonstreren een nieuwe methode voor soortspecifieke detectie van tobamovirussen," leggen de onderzoekers uit. "Een toekomstige combinatie van deze aanpak met isothermische amplificatie zou een platform kunnen zijn voor efficiënte en gebruiksvriendelijke manieren om onderscheid te maken tussen verwante stammen en resistentie-brekende pathogenen."
Lees het volledige onderzoek hier.
Alon, Dan & Hak, Hagit & Bornstein, Menachem & Pines, Gur & Spiegelman, Ziv. (2021). Differential Detection of the Tobamoviruses Tomato Mosaic Virus (ToMV) and Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) Using CRISPR-Cas12a. Plants. 10. 1256. 10.3390/plants10061256.