Onderzoekers van Michigan State University (MSU) doen een tweejarig onderzoek om te begrijpen waarom de E. coli-stam REPEXH02, een subtype van E. coli O157:H7, steeds opnieuw wordt gevonden bij uitbraken van voedselvergiftiging in bladgroenten. Het doel is te ontdekken welke genetische eigenschappen en omgevingsfactoren het overleven van deze stam mogelijk maken. Ook wordt gewerkt aan een online hulpmiddel waarmee telers kunnen inschatten of hun veld risico loopt.
Deze specifieke E. coli-stam werd tien jaar geleden voor het eerst gekoppeld aan verschillende uitbraken door middel van volledige genoomanalyse (whole genome sequencing, WGS). Ondanks dat de stam steeds weer opduikt, komt hij nog steeds relatief weinig voor in de omgeving. Het onderzoek probeert te achterhalen waarom REPEXH02 blijft bestaan en welke omgevingsomstandigheden de aanwezigheid ervan in bladgroenteproductieregio's bevorderen.
In maart 2025 nam het onderzoeksteam monsters van grond, water, sediment en feces van wilde dieren in een bladgroentegebied. Daarbij werd geen E. coli O157:H7 gevonden, waarschijnlijk door de droge omstandigheden vóór de irrigatie. Vanaf november zullen maandelijks nieuwe monsters worden genomen, waarbij gekeken wordt naar grondtextuur, pH, zoutgehalte, organische stof en zware metalen.
De onderzoekers letten extra op arseentolerantie, een eigenschap die in het genoom van REPEXH02 kan zitten en mogelijk helpt bij stressbestendigheid. De Amerikaanse gezondheidsdienst CDC heeft eerder REPEXH02-stammen gevonden met genen die arseenresistentie mogelijk maken.
Het team gebruikt nieuwe en oude isolaten om de ontwikkeling van deze stam in de tijd te volgen. Met behulp van kunstmatige intelligentie (AI) en machine learning (ML) proberen de onderzoekers te ontdekken welke omgevings- en teeltfactoren REPEXH02 onderscheiden van andere E. coli-subtypes.
Het einddoel is een online risicobeoordelingsmodel. Telers kunnen daarin gegevens van hun veld invoeren, zoals grondtestresultaten of de aanwezigheid van wilde dieren, om te zien hoe groot het risico is dat REPEXH02 aanwezig is. Het model wordt getest met bekende positieve en negatieve monsters voordat het beschikbaar wordt.
In een gerelateerd onderzoek, gepubliceerd in Food Safety Magazine (april/mei 2025), onderzochten de onderzoekers ook hoe de duur van koude opslag van bladgroenten invloed heeft op E. coli en wat dit betekent voor voedselveiligheid.
Onderzoekers: Het project wordt geleid door dr. Teresa Bergholz, met medewerking van dr. Shannon Manning, dr. Jiyoon Yi, dr. Michelle Carter, dr. Joshua Owade en dr. Jade Mitchell.
Bron: FoodSafety Magazine
