bronnen Nederlandse ToBRFV-uitbraak vooralsnog onbekend

Internationale webtool ToBRFV helpt traceringsonderzoek

Wetenschappers zijn internationaal volop bezig de genetica van ToBRFV en de oorsprong van uitbraken te ontrafelen en achterhalen. Een interactieve webtool helpt daarbij.

In de tool heeft het Nationaal Referentiecentrum fytosanitair (NRC-fyto) van de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA) beschikbare informatie over besmettingen met het Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) verzameld.

Door beschikbare informatie te delen en internationale collega-wetenschappers uit te nodigen hun gegevens aan de webtool toe te voegen neemt de NVWA naar eigen zeggen het voortouw bij het onderzoek naar de diversiteit en de verspreiding van dit virus, dat wel voor planten, maar niet voor mensen en dieren gevaarlijk is.

Tracering
De Nextstrain webtool die het NRC-fyto gebruikt wordt wereldwijd ook gebruikt voor de tracering van onder meer het COVID-19 virus. Meer informatie over het onderzoek van het NRC-fyto is onlangs gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift Plos One en wordt ook toegelicht in onderstaande YouTube video. 

Eerste vondst Nederland
In oktober 2019 werd de aanwezigheid van Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) op een bedrijf in de gemeente Westland vastgesteld. Deze eerste Nederlandse vondst van dit schadelijke tomatenvirus heeft geleid tot een onderzoek om de omvang van ToBRFV-aanwezigheid in de Nederlandse tomatenteelt vast te stellen.

Ook is vervolgens een traceringsonderzoek opgestart om mogelijke verbanden te identificeren tussen ToBRFV-genotypen, bedrijven en epidemiologische kenmerken. Momenteel telt Nederland officieel 20 besmette bedrijven, op basis van NVWA-cijfers van 27 augustus 2020.

Als onderdeel van het diagnostisch proces werd Illumina sequencing ingezet voor verificatie van ToBRFV-aanwezigheid, terwijl de daarmee verkregen virale genomen zijn gebruikt voor het traceringsonderzoek. Sequentiegegevens en metadata van de ToBRFV tracerings-onderzoek -tot en met november 2019- zijn met publieke data samengebracht in een interactieve webtool.

Een onderzoeksgroep in de Verenigde Staten heeft deze webtool als publieke tool ontwikkeld. Deze tool is door hen gebruikt voor het monitoren en traceren van verschillende humane virusziekten. Medewerkers van de NVWA hebben de tool gebruikt om de verspreiding en diversiteit van een belangrijk tomatenvirus in kaart te brengen en deze kennis gedeeld met andere landen.

Oorsprong uitbraak nog niet gevonden
Uit het onderzoek kwam naar voren dat de 50 ToBRFV-constateringen van deze uitbraaklocaties groeperen in drie hoofdclusters, waarvan wordt verondersteld dat ze drie oorspronkelijke bronnen vertegenwoordigen. Er is geen verband gevonden tussen genotypen, bedrijven en epidemiologische kenmerken. Dit betekent dat de bronnen van de Nederlandse ToBRFV-uitbraak vooralsnog onbekend zijn. 

Het delen van deze informatie met de interactieve online tool stelt het plantenvirologische werkveld in staat om de diversiteit en verspreiding van dit nieuwe virus beter te begrijpen en hierover te communiceren. De NVWA onderhoudt deze webtool en nodigt organisaties wereldwijd uit om gegevens of materialen te delen voor opname in de Nextstrain webtool.

Bron: NVWA


Publicatiedatum:



Ook onze nieuwsbrief ontvangen? | Klik hier


Ander nieuws uit deze sector:


Schrijf je in voor onze dagelijkse nieuwsbrief om al het laatste nieuws direct per e-mail te ontvangen!

Inschrijven Ik ben al ingeschreven